中国农科院开发出首款高密度SNP芯片，可有效定位关键 QTL 位点

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12 月 21 日消息，近日，中国农业科学院茶叶研究所茶树遗传育种团队基于“龙井 43”基因组参考序列和茶树重测序数据，开发出一款 200K 茶树 SNP 芯片。相关研究成果在《植物生物技术杂志(Plant Biotechnology Journal)》上发表。

该芯片是首款茶树高密度 SNP 芯片，以“龙井 43”(雌性)和“白毫早”(雄性)F1 群体为材料，该芯片能够将 18226 个 SNP 位点绘入图谱，获得 5325 个 bin-marker，连锁图谱总长度为 2107.01 厘摩，相邻标记平均遗传图距为 0.39 厘摩，构建了目前遗传密度最高的连锁图谱。

实验验证表明，该芯片可以有效定位关键 QTL 位点，发掘茶树重要功能基因。利用其对不同茶树品种的 SNP 分型研究，发现茶树大叶种和小叶种之间的两个强选择位点，对揭示茶树品质调控关键基因和两个变种间的进化关系具有重要意义。

该研究得到国家重点研发项目、中国农科院科技创新工程、国家自然科学基金等项目的支持。